Hola!!!
Hoy estuve tratando de correr algunas aplicaciones .JAR en un HTC TOUCH PRO con Windows Mobile 6.
Esta versión del WM6 trae un Java, pero al menos a mi no me funciono, había funciones que no encontraba.
Solución:
1. Descargar el MIDLet Manager (Aqui)
2. Copiar a la memoria del telefono los archivos que deseas correr.
3. Darle click al .JAR e instalarlo con el MIDlet.
Listo!!!, muy buen rendimiento, lo probé con el Guitar Rock Tour y corre Bastante Bien